超聲波DNA打斷儀包括在二價陽離子、隨機DNA雙鏈結(jié)合蛋白質(zhì)、非離子表面活性劑以及一價鹽的存在下，對DNA分子進行打斷。
該儀器能夠有效提高二代測序文庫構(gòu)建的效率。DNA分子雙螺旋結(jié)構(gòu)，是通過內(nèi)側(cè)氫鍵形成的堿基對使兩條脫氧核苷酸長鏈穩(wěn)固地并聯(lián)起來，同時堿基對之間縱向的相互作用力也進一步提高了DNA分子的穩(wěn)定性，所以DNA分子的雙螺旋結(jié)構(gòu)是一種相對穩(wěn)定的結(jié)構(gòu)。
隨著高通量測序(NGS)技術(shù)的發(fā)展與成熟，在科研、診斷、體檢各市場領(lǐng)域應(yīng)用范圍不斷擴大。除了市場的擴大之外，測序技術(shù)本身開發(fā)放慢速度，制約技術(shù)擴大應(yīng)用的瓶頸漸漸顯露出來。
如今，樣品制備在NGS中的瓶頸效應(yīng)越來越明顯，新試劑、新儀器不斷涌現(xiàn)，以縮短時間，提高通量。同時，新方法也在不斷開發(fā)，以處理更少的樣本起始量等。
目前，常用的染色體脫氧核糖核酸(Deoxyribonucleic acid，簡稱DNA)分子片段化方法主要有四種，分別為：DNA限制性酶切法，水動力剪切法，超聲波斷裂法，噴射霧化法，每種方法各有利弊。
對長鏈DNA(通常指生物染色體DNA)片段化的主要原因是短的DNA片段有利于進行DNA分子快速雜交和高靈敏目標探測，另外在NGS文庫構(gòu)建的過程中，片段化是一個無法避開的過程。
超聲波DNA打斷儀基于水動力剪切法，超聲波斷裂法的片段化方法，是較為推薦的DNA分子片段化方法。另外由于DNA分子的本身的特異性，例如甲基化修飾程度等，會提高分子本身的特性，使用機械方法這種區(qū)域會與其它區(qū)域有不同的斷裂比例(幾率)，這樣一定程度上引入了機械打斷的偏好性。
使用低成本的非限制性內(nèi)切酶方法，擺脫打斷儀器的限制，建立適用于普通分子生物學實驗室和高通量NGS文庫構(gòu)建實驗室的DNA打斷方法。
